Múzeum Spiša v Spišskej Novej Vsi sa dlhodobo venuje výskumu a prezentácii menšín, ktoré žili a žijú na území Spiša. V minulosti formou výstav a kníh takto pracovníci Múzea Spiša verejnosti predstavili spišských Rusínov a Nemcov. Ďalšou menšinou, ktorú sa rozhodli pracovníci múzea zmapovať a prezentovať sú Židia na Spiši. Zámerom výstavy Židia na Spiši bolo predstaviť verejnosti dejiny, kultúru a náboženský život spišských Židov. Cieľom bolo zdôrazniť mimoriadny prínos tejto komunity pre hospodársky a kultúrny rozvoj spišského regiónu.

Múzeum Spiša v Spišskej Novej Vsi v roku 2026 úspešne zavŕšilo realizáciu projektu č. 25-540-02472 s názvom Reštaurovanie mestskej zástavy Spišskej Novej Vsi z roku 1752 (zbierkové číslo S1988/1).

Mestská zástava Spišskej Novej Vsi sa radí k najvzácnejším historickým textíliám v zbierkovom fonde Múzea Spiša. Vystavená je v historickej expozícii, v časti, ktorá prezentuje historický vývin mesta.

Fond na podporu umenia podporil predmetný projekt vo výške 4 000 Eur a jeho realizácia sa uskutočnila od júla 2025 do júna 2026.

Múzeum Spiša v Spišskej Novej Vsi v roku 2026 úspešne zavŕšilo 4. etapu projektu zameraného na reštaurovanie 26 unikátnych gotických a ranonovovekých kachlíc z lokality Letanovce – Kláštorisko.

Súbor kachlíc z Kláštoriska patrí k najvýznamnejším a najrozsiahlejším kolekciám svojho druhu na Slovensku. Tvorí ho vyše 200 artefaktov z celkovo 14 kachľových pecí, odkrytých počas archeologického výskumu zaniknutého kartuziánskeho kláštora v Slovenskom raji.

V rámci projektu „Prezentácia menšín na Spiši v Țării Crișurilor Museum Oradea“ boli Múzeom Spiša v Spišskej Novej Vsi zapožičané výstavy Rusíni na Spiši a Nemci na Spiši Múzeom Spiša do Muzeul Țării Crișurilor v meste Oradea v Rumunsku. Tieto výstavy, realizované v rokoch 2020 – 2024 Múzeom Spiša v Spišskej Novej Vsi s podporou FPU, sú v múzeu v Oradei prezentované spoločne ako jedna výstava pod názvom Menšiny na Spiši (Minorities in Spiš / Minoritățile din Spiš). Na výstave sú prezentované zbierkové predmety Múzea Spiša.

Múzeum Spiša v Spišskej Novej Vsi získalo do svojich zbierok v roku 2024 pozostalosť filmového tvorcu Emila Fornaya, rodáka zo Spišskej Novej Vsi, medzi ktorou sa nachádzajú aj doteraz nepublikované fotografie Alexandra Dubčeka. Zámerom výstavy „Alexander Dubček ako ho nepoznáme objektívom Emila Fornaya“ je prezentovať tieto fotografie širokej verejnosti a oboznámiť ju tak s menej známou stránkou tohto významného štátnika ako predsedu Federálneho zhromaždenia, keďže spomínané zábery pochádzajú z jeho zahraničnej cesty po Škandinávii v roku 1990.

Múzeum Spiša v Spišskej Novej Vsi v roku 2025 úspešne ukončilo 3. etapu projektu, v rámci ktorého bolo zreštaurovaných 25 unikátnych gotických a ranonovovekých kachlíc z lokality Letanovce – Kláštorisko.

Vďaka finančnej podpore Fondu na podporu umenia sa Múzeu Spiša v Spišskej Novej Vsi podarilo získať súbor unikátneho nábytku ktorý patril rodine Máriássy. Nábytok bol umiestnený priamo v kaštieli. Rodina Máriássy iniciovala výstavbu celého areálu kaštieľa a letohrádku Dardanely v Markušovciach. Nábytok je v historizujúcom štýle z 19. storočia. Súbor nábytku tvorí: 1ks sófa, 2ks kreslo, 4 ks stolička, 1ks jedálenský stôl, 1ks kelímový obrus.

Múzeum Spiša v Spišskej Novej Vsi v spolupráci s Katedrou archeológie Filozofickej fakulty Univerzity Konštantína Filozofa v Nitre, Múzeom v Kežmarku a súkromnou spoločnosťou Archeológia Spiš realizovalo v roku 2023 už 3. etapu archeologického výskumu na vedecké a dokumentačné účely na lokalite Jánovce-Machalovce, v polohe Hradisko. Výskum nadviazal na úspešné sezóny z rokov 2021 a 2022.

Po úspešnom sprístupnení prvej etapy expozície Príroda Spiša v roku 2022 odhalilo Múzeum Spiša v Spišskej Novej Vsi návštevníkom aj jej druhú časť. Cieľom tohto projektu bolo pokračovanie v tvorbe expozície v dvoch miestnostiach, ktoré sú venované územiu Tatier, Popradskej kotliny, Kozích chrbtov a Levočských vrchov. Realizované sú špecifickou formou depozitov informácií, ktoré sú svojím oblúkovým tvarom prispôsobené historickej architektúre miestností.

V roku 2023 kolektív odborných pracovníkov Múzea Spiša v spolupráci s externými špecialistami realizoval tretiu etapu prírodovedného výskumu Braniska. Viacročný terénny výskum je nevyhnutný kvôli nadobudnutiu relevantných komplexnejších informácií, ktoré sú potrebné k hlbšiemu poznaniu prírodných pomerov daného geomorfologického celku a súčasne k zachovaniu a ochrane prírodných hodnôt, ktorými disponuje. Cieľom výskumných aktivít bolo zhromaždiť nové poznatky o Branisku z odborov speleológia, geológia, botanika a zoológia.